進行馬德里國際注冊申請的程序如下：

（1）申請人或代理人向中國商標局提交馬德里商標國際注冊申請。

（2）中國商標局進行形式上的審查，審核申請人信息和馬德里國際注冊的商標是否與中國商標局的數據庫記載內容一致。

（3）通過中國商標局形式審查后，提交到世界知識產權局國際局。國際局將審查商品、服務描述是否符合尼斯分類的要求，劃分的類別是否正確。

（4）通過國際局形式審查的商標將由國際局轉交到相應指定的國家商標局。

（5）隨后進入到各個指定的國家分別審查的階段，各個指定國家按照其本國的商標法規定來進行審查。