海關對商標專用權的主要保護措施如下：

（1）商標專用權人可以將其商標向海關總署申請備案，知識產權海關備案的有效期為10年。備案不是強制性的，是否備案由權利人自行決定。備案與否也不影響海關扣留侵權嫌疑貨物，權利人請求扣留侵權嫌疑貨物的，只需要向嫌疑貨物進出境的海關提出申請，可以不必事先辦理知識產權保護備案。

（2）權利人在發現侵權貨物可能進出口的線索時，需要向進出口地海關提出采取知識產權保護措施的申請。申請人請求海關扣留侵權嫌疑貨物的，應當提交申請書及相關證明文件，并提供足以證明侵權事實明顯存在的證據。同時還應當向海關提供不超過貨物等值的擔保，用于賠償可能因申請不當給收貨人、發貨人造成的損失，以及支付貨物由海關扣留后的倉儲、保管和處置等費用。權利人申請扣留侵權嫌疑貨物，符合規定，并提供擔保的，海關應當扣留侵權嫌疑貨物，書面通知知識產權權利人，并將海關扣留憑單送達收貨人或者發貨人。知識產權權利人申請扣留侵權嫌疑貨物，不符合規定，或者未提供擔保的，海關應當駁回申請，并書面通知權利人。海關根據權利人的申請扣留侵權嫌疑貨物，自扣留之日起20個工作日內未收到人民法院協助執行通知的；應當放行被扣留的貨物。

（3）海關發現進出口貨物有侵犯備案知識產權嫌疑的，應當立即書面通知權利人。權利人自通知送達之日起3個工作日內依照相關規定提出申請，并依規定提供擔保的，海關應當扣留侵權嫌疑貨物，書面通知知識產權權利人，并將海關扣留憑單送達收貨人或者發貨人。知識產權權利人逾期未提出申請或者未提供擔保的，海關不得扣留貨物。海關發現進出口貨物有侵犯備案知識產權嫌疑并通知知識產權權利人后，知識產權權利人請求海關扣留侵權嫌疑貨物的，海關應當自扣留之日起30個工作日內對被扣留的侵權嫌疑貨物是否侵犯知識產權進行調查、認定；不能認定的，應當立即書面通知知識產權權利人。此類由海關啟動的保護措施，對于扣留侵權嫌疑貨物，自扣留之日起50個工作日內未收到人民法院協助執行通知，并且經調查不能認定被扣留的侵權嫌疑貨物侵犯知識產權的，應當放行被扣留的貨物。

（4）收貨人或者發貨人認為其貨物未侵犯知識產權權利人的知識產權的，應當向海關提出書面說明并附送相關證據。海關認為收貨人或者發貨人有充分的證據證明其貨物未侵犯知識產權權利人的知識產權的，應當放行被扣留的貨物。知識產權權利人請求海關扣留侵權嫌疑貨物后，海關不能認定被扣留的侵權嫌疑貨物侵犯知識產權權利人的知識產權，或者人民法院判定不侵犯知識產權權利人的知識產權的，知識產權權利人應當依法承擔賠償責任。

（5）被扣留的侵權嫌疑貨物，經海關調查后認定侵犯知識產權的，由海關予以沒收。海關沒收侵犯知識產權貨物后，應當將侵犯知識產權貨物的有關情況書面通知知識產權權利人。被沒收的侵犯知識產權貨物可以用于社會公益事業的，海關應當轉交給有關公益機構用于社會公益事業；知識產權權利人有收購意愿的，海關可以有償轉讓給知識產權權利人。被沒收的侵犯知識產權貨物無法用于社會公益事業且知識產權權利人無收購意愿的，海關可以在消除侵權特征后依法拍賣；侵權特征無法消除的，海關應當予以銷毀。